Di seperempat abad ke-16 Masehi, wilayah Kerajaan Mataram Islam adalah bagian dari wilayah Kesultanan Pajang. Statusnya yang sebagai kadipaten yang dengan penguasanya yakni Ki Ajeng Pamanahan.

Setelah Panembahan Senapati berkuasa pada wilayah Kadipaten Mataram, ia memisahkan antara wilayahnya dari Kesultanan Pajang dan juga mendirikan Kesultanan Mataram. Kesultanan Mataram ini didirikan olehnya di tahun 1586. Kemudian pada tahun 1586 wilayah Pajang tekah menjadi bagian dari kedaulatan Kesultanan Mataram yang diikuti dengan penyerahan tahta Pajang oleh Pangeran Benawa kepada sang Penambahan Senapati.
Perkembangan dari Mataram begitu besar serta kuat hingga sebagain besar dari sejarawan pun setuju jika itu sudah didirikan selama dengan beberapa generasi perintis dari Mataram.
Menurut dari catatan Jawa, raja-raja Mataram merupakan keturunan dari Ki Ajeng Sela (Sela merupakan sebuah desa dekat Demak saat ini). Dan pada tahun 1570-an, salah satu keturunan dari Ki Ageng Sela, yaitu Kyai Gede Pamanahan yang dianugerahi sebuah kekuasaan atas tanah Mataram oleh raja Pajang, Sultan Adiwijaya, sebagai imbalan atas jasanya mengalahkan Arya Penangsang, musuh dari Adiwijaya.
Pajang terletak pada daerah Surakarta pada saat ini, dan Mataram mulanya merupakan vasal dari Pajang. Pamanahan sering juga disebut sebagai Kyai Gede Mataram. Seorang kyai merupakan seorang ulama muslim dengan berpendidikan tinggi serta cenderung disegani.
Sedangkan di Pajang, telah terjadi sebua perebutan kekuasaan besar-besaran yang terjadi sesudah Sultan Adiwijaya wafat di tahun 1582. Pewaris Adiwijaya merupakan Pangeran Benawa, yang digulingkan takhtanya oleh Arya Pangiri dari Demak, dan juga disingkirkan ke Jipang. Putra Pamanahan, Panembahan Senapati, menggantikan sang ayah sekitaran tahun 1584, lalu dia memulai melepaskan Mataram dari kekuasaan sang Pajang. Di bawah Sutawijaya, Mataram bisa tumbuh dengan substansial lewat kampanye militer dengan melawan penguasaan Mataram atas Pajang oleh Arya Pangiri, dan juga Pangeran Benawa dengan cepat menggalang dukungan guna merebut kembali takhtanya serta merekrut dukungan Panembahan Senapati melawan Pajang.
Kemudian, Pajang diserang melalui dua arah oleh Pangeran Benawa serta oleh Panembahan Senapati. Perang diantaranya Pajang melawan Mataram berakhir dengan kalahnya Arya Pangiri. Pangeran Benawa lalu naik takhta di Pajang. dan selama periode itu tidak ada putra mahkota dari Pajang yang menggantikan Pangeran Benawa hingga takhta Pajang diserahkan kepada Panembahan Senapati. Selanjutnya yang menjadi bupati di sana yaitu Pangeran Gagak Baning yang merupakan adik Panembahan Senapati. Peristiwa di tahun 1586 ini sebagai penanda bahwa berakhirnya kerajaan Pajang dan berdirinya Nagari Kasultanan Mataram.
Pingback: Tentang Konferensi Meja Bundar: Latar Belakang